تنقسم إدارة الكلية إلى إدارتين: أكاديمية وإدارية، أما الأكاديمية فهي برئاسة عميد الكلية ومعاونة نائب عميد الكلية ورؤساء الأقسام العلمية ومسجل الكلية ونائب عميد الكلية بمركز الطالبات ومنسق الدراسات العليا بالإضافة إلى رئيس قسم الامتحانات ورئيس قسم الجودة والمسؤول عن المكتبة، وتتعاون هذه الإدارة فى عرض موضوعات الكلية على مجلسها ومتابعة تنفيذ قراراته ثم عرض المسائل المرفوعة على مجلس أساتذة الجامعة الموقر.

          أما الإدارة الإدارية فهي برئاسة عميد الكلية وإشراف نائب عميد الكلية ومعاونة مسجل الكلية والمراقب الإداري ومساعديه.

اعترافاً بالدور المهم الذي قامت به إدارات الكلية المتعاقبة في إرساء البناء العلمي لهذه الكلية الوليدة لابد لنا من ذكر أسماء الذين توالوا على إدارتها:

توالى على عمادة الكلية السادة:

1. أ.د. حامد أحمد الحاج إسماعيل ( العميد المؤسس)                   (متوفي)  
2. أ.د. جعفــر أحمـد النورانى             ( بالإنابة )
3. أ.د. حامد أحمد الحاج اسماعيل
4. أ.د. عبد المجيـد حسن نصـر          ( بالإنابة )                       (متوفي)
5. أ.د. محمد طالب الله الشيـــخ
6. د. الطيب حســـن أونـسـه
7. د. فتحي محمد محمد سعيد
8. د. تاج السر حسن حسّان           
9. د. محمد علي الحاج علوبة
10. أ.د. كمال الدين الصديق بشّار    (العميد الحالي)
     
    توالى على منصب نائب عميد الكلية السادة:

1. أ.د. أحمد الطيب أحمد إبراهيم
2. أ.د. جعفر أحمد النـورانــي
3.  أ.د.محمد طالب الله الشيــخ
4. أ.د. عصام محمد عبد الماجـد
5. د. الطيب حســن أونســة
6. د. أحـمد قـاسم مـحـمـود
7. أ.د. الصديق حسن الصـافي               (متوفي)
8. د. تاج السر حسن حسّان
9. أ.د.كمال الدين الصديق بشّار
10. د.عثمان مدثر الفاضل
11. د. آدم عبدالرحمن عبدالكريم                     (نائب العميد الحالي)
     
     
     

1. توالى على منصب نائب عميد الكلية بمركز الطالبات:

1. أ.عواطف علي الشريف.
2. أ. صفاء أحمد علي.
3. د. منى مصطفى الطاهر.
4. د. صفاء أحمد علي                                  (نائب العميد الحالي)
    
   توالى على مهام مسجل الكية السادة:

1. أ. محمد المأمون عبد الماجد
2. أ. صديق محمد أحـمد الأغـبش
3. أ. عماد الدين عبد الرحيم محـمد
4. أ. دفـع الله يــس مـحـمـد
5. أ. عبد الرحيم محمد احمد 
6. أ. ابراهيم بدوى غريقان 
7. أ.عبد المعروف يوسف محمد                                 ( المسجل الحالي)

تكــوين المجلــس:

          يتكون مجلس كلية العلوم الهندسية طبقاً للنظام الأساسي رقم 25 المادة (9) – (د) من قانـون جامعة أم درمان الإسلامية لسنة 1990 من الآتي:

1. عميد الكلية                                                                رئيساً
2. نائب عميد الكلية                                                           عضواً
3. نائب عميد الكلية بمركز الطالبات                                          عضواً
4. مسجل الكلية                                                              مقرراً                    
5. رؤساء الأقسام العلمية بالكلية                                              عضواً
6. حاملو درجة الأستاذيه بالكلية                                              عضواً
7. رئيس المكتب الأكاديمي                                                    عضواً
8. ثلاثة من عمداء الكليات المناظرة                                          
9. شخصين يرشحهما عميد الكلية من خارج الجامعة ويوافق عليهم
   مجلس الكلية على أن تكون عضويتهـم لمدة سنتين قابلة للتجديد